三家公司合并为一家公司的相关会计、税务问题请教

你和我的时光

     我是二线城市一个医药零售连锁企业的会计，毕业一年多一直在这家公司上班，我们没有主办会计，我就充当主办会计的角色了，但是我资历尚浅，现在公司和另外两家公司联合了，我想请教下大神们，合并过程中相关的会计处理要怎么做。详情是这样的：      我们是当地最大的一家医药零售连锁，一共有50多家门店，是一般纳税人，另外两家公司都比我们的公司小，是小规模纳税人，我们这三家公司同属于一个市。现在有另一个省的医药零售连锁牵头（后文称“总公司”），准备联合上市。现在我们这三家公司是要合并成一个公司（就是合并到我们公司），成为总公司下面的子公司，然后在我们三家中抽取优秀的门店组成总公司下面的分公司，意思就是我们这三家公司合并将来会产生两个公司主体。现在三家公司刚开始准备联合办公。
      三家公司的会计都不专业，也没有相关的经验，并且暂时不会空降财务主管来指导我们，所以我们都很惆怅。现在我就我能想到的问题请教下大家：
      1、如何建立一套新的、统一的会计制度？三家公司一家一般纳税人（日常账务处理不规范），两家小规模纳税人（一家极不规范仍在手工做账，一家相对规范），现在我想首先是否要注销两家小规模纳税人公司的主体资格，然后再谈到之后的事项：合并库房、库存系统、采购、账套等等这些。但是现在另两家公司并不准备在最近几个月内注销他们的公司，意思想三家公司并行经营几个月，但是这样我们搬在一起办公不就没有什么实质性的意义了吗？
      2、三家公司的账务整理如何进行？债权债务、各项资产这些实际情况下比较复杂，比如说现在应付账款（对药品供应商的欠款）很多（基本上与库存持平，相当于库房里的商品都是代销的没有付款），两三千万的规模，其中可能会有四五十万的金额账期已经很长了，基本上不需要付款了。实际的库存商品也需要涉及到各个门店的重新盘点来核对系统，固定资产我们平常没有做账到“固定资产”，所以这一项也是不清楚的。一些科目的口径设置也不一样，比如说哪些东西属于“低值易耗品”的我们设置的不一样，像明细科目上设置也不一样。
      3、小规模纳税人要注销吗？这样的企业重组，三家公司合并成我们一家公司的名字，应该是要注销它们的主体资格后才能加入我们吧。是这样的话，到时候合并进来的时候，我们是否需要根据协议来进行处理呢？
     其实我还有很多问题，真正说出来感觉又想不起来了，希望论坛里面的大神能够为我解答下，不限于上述问题，在这一合并过程中的问题与阴暗，能想到什么就说什么，感谢了